在理想狀態下，退火溫度足夠低，以引物同目的序列有效退火， 同時還要足夠高，以減少非特異性結合。合理的退火溫度從55℃到70℃。退火溫度一般設定比引物的 Tm低5℃。

大型法蘭加工處理一般是采取固溶熱處理，也是人們平常所謂的“退火”，溫度范圍為1040~1120℃；也可以通過退火爐觀察孔觀察，退火區的大型法蘭管件應為白熾狀態，但沒出現軟化下垂。

其次是爐體密封性(外殼有鋼板和型鋼焊接而成，臺車由型鋼及鋼板焊接，臺車通過與爐襯的軟接觸和沙封機構來減少熱輻射及對流損失，有效爐體密封性。光亮退火爐應是封閉的，與外界空氣隔絕。

采用氫氣作保護氣的，只有一個排氣口是通的(用來點燃排出的氫氣)。檢查的方法可以用肥皂水抹在退火爐各個接頭縫隙處，看是否跑氣;其中容易跑氣的地方是退火爐進管子的地方和出管子的地方，這個地方的密封圈特別容易磨損，要經常檢查經常換。

還有是保護氣壓力，為了防止出現微漏，爐內保護氣應保持一定的正壓，如果是氫氣保護氣，一般要求20kBar以上。退火氣氛：一般都是采用純氫作為退火氣氛，氣氛純度是99.99%以上，如果氣氛中另一部分是惰性氣體的話，純度也可以低一點，但是不能含有過多氧氣、水汽。